Первые упоминания о деревянном храме Богоявления в Елохове относятся к концу XVII в. В 1712-1731 гг. храм был перестроен в камне на средства прихожанина полковника Воронецкого и царевны Прасковьи Ивановны, дочери царя Иоанна V Алексеевича. Кирпич на новую церковь пожаловал лично Петр I. 4 июля 1731 г. храм был освящен архиепископом Подонским и Сарским Леонидом.
После революции храм не закрывался. В праздник Сретения в 1925 г. Литургию в нем служил Святейший Патриарх Тихон. В 1938 г. из разрушенной Богоявленской церкви в Дорогомилове сюда переместилась кафедра Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). Указом Святейшего Патриарха Алексия I от 25 февраля 1945 г. Богоявленскому собору был присвоен статус Патриаршего.
Когда в начале 1992 г. Успенский собор Московского Кремля стал Патриаршим, Богоявленский собор сделался кафедральным.
В Никольском приделе храма в 1944 г. был погребен Святейший Патриарх Сергий. В Благовещенском приделе Богоявленского собора погребен Святейший Патриарх Алексий II.
В настоящее время к собору приписан московский храм вмч. Никиты на Старой Басманной.
Источник: http://www.patriarchia.ru/db/text/251306.html