У Храма святого апостола Иоанна Богослова под Вязом необычная судьба. С середины XV века на Новой площади в Китай-Городе столицы, между улицами Никольская и Ильинка неизменно стоит храм, посвященный апостолу Иоанну Богослову – любимому ученику Христа.
Нынешнее здание Иоанно-Богословского храма у Китайгородской стены было построено в 1825-1837 годах на месте кирпичного храма, сооруженного в 1658 году.
В 1925 году храм был закрыт, с 1934 года в нем разместился Музей Москвы.
А 16 сентября 2010 года Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл предоставил храм Российскому Православному Институту св. Иоанна Богослова, который таким образом обрел долгожданное духовное пристанище для своей многочисленной общины, студентов и преподавателей.
В 2011 году, после освобождения комплекса Музеем Москвы, были проведены работы по воссозданию купола с крестом на храме. 11 ноября 2011 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил освящение креста в присутствии мэра Москвы С. С. Собянина, настоятеля храма игумена Петра (Еремеева), преподавателей и студентов Российского православного университета.
В 2016-2017 году была проведена реставрация колокольни храма, завершившаяся освящением креста на шпиль здания, которое совершил настоятель храма.
