Московский храм во имя пророка Божия Илии в Черкизово построен в 1690 году на месте сгоревшего деревянного храма, который стоял здесь еще в 1370 году. В XIV веке село Черкизово принадлежало выходцу из Орды царевичу Серкизу, который продал его своему единоплеменнику Илье Азакову. Последний, по всей вероятности, в честь своего святого и поставил здесь древнейшую Илиинскую церковь.
История храма тесно переплетена с жизнью многих русских митрополитов. Прежде всего, со святителем Алексием. Живописное расположение села пришлось по душе митрополиту, он приобрел его для себя и своих преемников по сану и сделал храм летней резиденцией московских первосвятителей. Черкизово для митрополита всея Руси было местом уединения и отдыха, где он мог оглянуться на пройденный жизненный путь, собраться с силами на будущее, да и просто повидаться с близкими людьми.