Музей был открыт к столетию со дня рождения писателя, когда в доме не было почти ни одного предмета, оставшегося со времени жизни Набоковых. Однако за эти годы музей сумел собрать значительную мемориальную коллекцию и большую научную библиотеку, которая всегда открыта для посетителей. Сейчас музей занимает первый этаж дома, где сохранились помещения столовой, гостиной и библиотеки. Бывшая «комитетская» комната, в которой исторический интерьер не сохранился, используется как выставочный зал.
Помимо учебной работы, Музей Набокова СПбГУ проводит научные программы — ежегодные апрельские Набоковские чтения, летнюю школу для студентов и аспирантов, международные набоковские конференции, а также общедоступные лекции, круглые столы и литературные чтения.
С 2008 года, когда музей стал частью Факультета филологии и искусств СПбГУ, сотрудникам удалось значительно увеличить коллекцию и начать реставрацию помещений дома.
